La maison Horikawaya Nomura, à sa création en 1688, était spécialisée dans le transport de marchandises. Etablie à Gobo (Wakayama), ses 12 navires transportaient des mandarines et du bois vers Tokyo (pour le compte de familles prestigieuses, telle la famille Kishu Tokugawa) ou divers autres produits vers Hokkaido. En 1756, la flotte est détruite lors d’une terrible tempête entre Edo Tokyo et l’île d’Etorofu (Hokkaido).

La société doit sa survie au développement de son activité annexe : la confection traditionnelle de kinzanji-miso (mélange de kôji de riz, d’orge et de fèves de soja, légumes émincés tels les aubergines, concombres, shiso, carottes, gingembre…), de sauce soja shoyu. Ces produits étaient fabriqués exclusivement dans le but de les offrir à leur fidèle clientèle.

La production était exclusivement artisanale, réalisée entièrement à la main, sans utilisation de la moindre machine. Il est dit de Horikawaya qu’elle est la plus ancienne fabrique de sauce soja shoyu au sein de la Préfecture de Wakayama, réputée avoir vu naître la sauce soja.

Il est dit que le temple Koukoku, sis à Yuracho (15 minutes au nord de la brasserie Horikawaya), préfecture de Wakayama, est le berceau de la sauce de soja. Aux environs de 1200, un prêtre bouddhiste japonais de Koyasan se rendit en Chine sous la dynastie Song pour y suivre une formation. À son retour au Japon, il a choisi le temple Koukoku comme site de pratique et a enseigné aux gens tout ce qu'il avait appris en Chine. Une de ses connaissances acquises était la fabrication du kinzanji-iso. La production du miso est devenue progressivement populaire dans la région. Il a également été dit que les gens avaient trouvé un liquide très goûté surnageant sur le miso au cours du processus de production. La sauce soja était née.

Dans l'Antiquité, la sauce soja shoyu était à l'origine un produit à base de soja, de blé et de sel. Cependant, environ 80% du shoyu actuellement disponible sur le marché est fabriqué à partir de soja dégraissé. Pas même 20% des produits actuels ne sont de véritables sauces soja shoyu.

Horikawaya fabrique sa sauce soja Mitsuboshi Premium exclusivement à partir de fèves de soja non dégraissées. Ces fèves (provenance Hokkaido) sont mises à tremper 5 h puis cuites à la vapeur au feu de bois. Le blé (cultivé et récolté à Hokkaido) est grillé, dans un plat en terre cuite, au feu de bois. Le soja cuit vapeur et le blé torréfié sont ensemencés manuellement de levure kôji et mis en chambre de culture pendant 4 jours. Ensuite, l’ensemble est placé en fût de bois, le « kioke » et mélangé avec de l’eau et du sel. Le mélange réalisé est ainsi brassé en permanence, pendant plus de deux étés, à température ambiante. Le malt ou moromi fermenté obtenu, non raffiné, est compressé pour en extraire la sauce soja shoyu (extraction par gravité), cette dernière étant ensuite bouillie pendant 4 à 5 heures dans une marmite en poterie sur feu de bois.